第二季紧接第一季结尾。百子领袖克拉克为保护同伴被山地人（Mount Weather）抓获，而其他幸存的百子则与地表人（Grounders）结成脆弱联盟。本季的核心矛盾转向山地人：他们是核战前躲进避风港的美国政府遗民，拥有完整的医疗体系和舒适生活，但他们因长期与外界隔绝而无法适应辐射，必须抽取“百子”和地表人的血液来净化自己，否则就会死亡。因此，山地人表面上是“收留”百子，实则是将人当作牲畜在“养殖放血”。克拉克在牢中策划越狱，而空间站上的方舟人终于降落到地面，带来了更先进的武器和更复杂的政治权衡。最终，克拉克为了解救所有人，被迫启动了山地人的通风系统，向整个地下城市灌入致命辐射，杀死了所有无辜的山地人平民，完成了“道德至暗时刻”。
第二季是本剧的巅峰，将“生存还是人性”的拷问推向了极致。没有任何人是全对的，也没有任何人是全错的。克拉克从少女成长为冷血领袖的弧光非常残酷且真实。最后几集节奏炸裂，尤其是“灌溉辐射”的抉择，让观众久久无法平静。
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